各項目の名称を変更することで、内部のデータに影響はありますか？

記録されているデータ自体に影響はございません。
しかしながら、項目名のみ変更すると、項目名と選択肢の整合性がとれなくなったり、項目自体の意味が違うものになる、また、抽出条件を設定する際等に誤操作をする元となりますので、極力変更する事は行わないで下さい。

例： 

このように項目のみ変更した場合、項目名のみ好きな食べ物から飲み物に変更されていますが、実際は好きな食べ物として記録されています。